Conan sospetta che l'evacuazione dell'hotel di Mary sia stata un’operazione dell'Organizzazione, data l'assenza di testimonianze. Intanto, i Giovani Detective organizzano una gita al mare accompagnati da Rumi Wakasa. Conan, temendo che la maestra miri ad Ai, chiede a Subaru Okiya di vigilare. In spiaggia, tra Rumi e Subaru scatta un teso confronto psicologico: lei insinua che Ai sia la figlia di una donna del suo passato e nota il travestimento di Okiya, mentre lui ipotizza che la donna nasconda delle ferite sotto la veste. La tensione viene interrotta dal ritrovamento del cadavere del titolare dello stabilimento, occultato in un sacco di plastica. L'ispettore Sango Yokomizo avvia le indagini, mentre Conan restringe il campo a tre dipendenti della struttura. Mentre il piccolo detective risolve il delitto, l'attenzione resta alta sul duello silenzioso tra l'agente dell'FBI e l'enigmatica insegnante, entrambi consapevoli che l'altro nasconda un'identità segreta legata ai "Neri".