Conan collabora strettamente con l'FBI per smascherare l'infiltrato dell'Organizzazione nascosto tra le corsie dell'ospedale di Haido. Nel frattempo, Rena Mizunashi riprende improvvisamente conoscenza ma, avvertendo il pericolo e la sorveglianza serrata, sceglie strategicamente di continuare a fingersi in stato vegetativo. Grazie all'acume di Conan, gli agenti riescono a restringere il cerchio dei sospetti a soli tre pazienti. Shuichi Akai e il piccolo detective individuano finalmente l'uomo mandato dai "Neri" e iniziano a monitorare ogni sua mossa, sperando che il sospettato li conduca involontariamente al resto del gruppo criminale.